بیماری شانکر باکتریایی مرکبات ناشی از باکتری Xanthomonas citri subsp. citri ، یکی از مخرب‌ترین بیماری‌های مرکبات در جهان محسوب می‌شود. این باکتری از طریق روزنه‌ها و زخم‌ها گیاه را آلوده می‌کند و سبب ایجاد زخم‌های نکروتیک در میوه، برگ و ساقه می-شود، که نهایتا سبب کاهش کیفیت و کمیت این محصول می‌گردد. طی نمونه برداری در فصول بهار و تابستان سال 1393 تعداد 44 جدایه از درختان لیمو ترش در استان‌های فارس، کرمان، لرستان، ایلام و هرمزگان جداسازی گردیدند. به منظور شناسایی جدایه‌های مذکور از آزمون‌های بیوشیمیایی و فنوتیپی شامل آزمون‌های گرم، اکسیداز، کاتالاز، تولید رنگدانه زانتامونادین، هوازی و بی‌هوازی بودن، رشد روی محیط‌کشت YDC، تولید هیدروژن سولفید از سیستئین، تولید لوان، واکنش فوق حساسیت روی توتون و شمعدانی استفاده شد. همچنین به منظور تشخیص مولکولی جدایه‌ها، پرایمر اختصاصی XACF (5ʹ-CGTCGCAATACGATTGGAAC-3ʹ) و XACR (5ʹ -CGGAGGCATTGTCGAAGGAA-3ʹ) طراحی شده براساس ژن hrpW مورد استفاده قرار گرفت. سپس فاکتورهای موثر در بقا و بیماری زایی جدایه‌ها عامل شانکر مرکبات شامل تشکیل بیوفیلم، تولید پلی ساکارید خارج سلولی زانتان، حرکت اسوارمینگ، ایجاد بیماری روی برگ‌های بریده لیموترش و حساسیت نسبت به هیدروژن پراکسید مورد بررسی قرار گرفت. همه جدایه ها گرم منفی، هوازی اجباری، اکسیداز منفی، کاتالاز مثبت، قادر به تولید رنگدانه زانتامونادین، لوان مثبت، قادر به تولید سولفید هیدروژن از سیستئین، رشد روی محیط‌کشت YDC، ایجاد واکنش فوق‌حساسیت روی توتون و شمعدونی بودند. همچنین به منظور شناسایی دقیق جدایه‌های عامل بیماری، از آغازگر‌های XACF و XACR طراحی شده بر اساس ژن hrpW استفاده شد. همه جدایه‌های عامل بیماری قطعه 561 جفت بازی را در واکنش پی-سی‌آر تکثیر نمودند. واکنش جدایه‌های عامل شانکر در فاکتورهای اندازه‌گیری شده، متفاوت بود. در این مطالعه بیشترین مقدار تحرک اسوارمینگ در جدایه‌های KVXCC1 و IIXCC2 مشاهده شد، همچنین کمترین مقدار به جدایه FDXCC4 اختصاص یافت. جدایه‌های KVXCC1 و IIXCC3 به ترتیب بیشترین و کمترین مقدار تولید زانتان را در بین جدایه‌ها نشان دادند. در فاکتور تشکیل بیوفیلم، بیشترین مقدار مربوط به جدایه‌های IIXCC6 و KVXCC1 بود و کمترین مقدار در جدایه‌های FDXCC1 و KVXCC3 مشاهده گردید. جدایه‌های FKXCC3، LPXCC4 و FLXCC2 بیشترین مقاومت نسبت به هیدروژن پراکسید را دارا بودند و جدایه‌های LPXCC2 و KKXCC4 کمترین مقاومت را نشان دادند. در نهایت جدایه‌های KVXCC1 و IIXCC6 بیشترین مقدار بیماری‌زایی را ایجاد کردند. در این مطالعه همبستگی مثبتی بین تشکیل بیوفیلم، تولید زانتان و حرکت اسوارمینگ با شدت بیماری‌زایی در جدایه‌های عامل شانکر مرکبات مشاهده گردید. همچنین جدایه KVXCC1 به عنوان جدایه برتر در این پژوهش معرفی شد.
