عوامل بیماریزای درختان و سایر رستنی های جنگلی اغلب با جوامعِ طبیعیِ آن در تعامل اند. با این وجود نقش های اکولوژیک و حیاتی آنها براحتی قابل تشخیص نیست. به عنوان عواملِ مخرب در نواحی ویژه تولید الوار، عوامل بیماریزای جنگلی می توانند سبب مرگ و میر، کاهش سازگاری هر یک از گیاهان جنگل، یا موثر بر ترکیبِ ساختاریِ جوامع گیاهی باشند. بلوط (Quercus)، جنسی گیاهی با بیش از چهارصد گونه بوده و گسترش جهانی دارد. زوال بلوط به عنوان" وقوع دوره‌ایِ پدیده زوال و مرگ درختان در مناطق وسیع" توصیف گشته و ترکیبی از عوامل زنده و غیرزنده همچون تغییرات آب و هوایی (از جمله خشکی) مجموعه متنوعی از عوامل بیماریزای باکتریایی (از قبیل جنس های Brenneria, Rahnella, Lonsdalea, Gibbseilla)، قارچی (Phytophthora, Daldina, Biscogniuxia) و آفات گیاهی را می‌توان زمینه ساز بروز آن دانست. به دلیل تنوع اثرات این عوامل در مقیاس‌های مکانی و زمانی، تاکنون هیچ‌یک به عنوان عامل اصلی بروز عارضه زوال بلوط در نظر گرفته نشده‌اند. طی قرن گذشته، تعدادی از بیماری‌های گیاهی اثرات عمده‌ای را براکوسیستم‌های جنگلی در سرتاسر جهان ازخود برجای گذاشته‌اند. از جمله مثال‌های کلاسیک این امر، بیماری بلایت شاه بلوط در امریکای شمالی و بلایت و خشکیدگی درختان اکالیپتوس در غرب استرالیا است که به ترتیب توسط بیمارگرهای قارچی Cryphonectaria (Endothia) parasitica و Phytophthora cinamommi به وجود می‌آیند. تحقیقات اخیر شواهدی مبنی بر بروز اپیدمی جدید در درختان بلوط جنگل‌های شمال ایران دارد. به همین منظور تعداد 60جدایه باکتریایی از درختان دارای علائم شانکر و تراوش شیرابه از تنه جمع آوری گشته و پس از انجام آزمون‌های بیماریزایی، بیوشیمیایی و فیزیولوژیک، الکتروفورز پروتئین، انگشت نگاری ژنتیکی (rep-PCR)، تعیین توالی زیرواحد کوچک RNA ریبوزومی (16S rRNA) و تعیین توالی چندین جایگاه ژنی (چهار ژن خانه داری: gyrB, infB, atpD, recA)، کمپلکسی از گونه‌های جنس بیمارگر گیاهی Brenneria شامل (B. goodwinii, B. roseae subsp. roseae, B.roseae subsp. americana, B. nigrifluens, Brenneria sp.) شناسایی گشتند. بررسی پروفایل متاژنومیکس (Metagenomics) جوامع میکروبی امکان مقایسه فراوانی کمی و کیفی میکروب‌ها و متابولیسم آنها را از نمونه‌های مخلوط در میان همه شاخه‌های حیات فراهم آورده است. هدف اصلی متاژنومیکس بدست آوردن توالی های ژنوم تمامی میکروارگانیسم‌های یک محیط به منظور فهم نقش تک تک آنها، بررسی تنوع گونه‌ای در سطح ژنومی و روابط همزیستی میان اجزاء جامعه میکروبی است. با توجه به طبیعت متفاوت عامل (عوامل) بیماری زوال درختان بلوط ایران، شناسایی جوامع میکروبی همراه با درختان آلوده ، لازم و ضروری می‌نماید. لذا هدف تحقیق حاضر، مقایسه ترکیب تاکسونومیک میکروبیوم فیلوسفر درختان بلوط آلوده و سالم به منظور تعیین جامعه غالب میکروبی موثر در پدیده زوال درختان بلوط است.
