اندوفیت ها طیف وسیعی از قارچ های بیمارگر گیاهی و ساپروفیت را شامل می شوند که دوره ی نهفتگی طولانی قبل از ظهور علائم خارجی بیماری دارند که برای برقراری رابطه ی همزیستی ضروری است. با وجود اینکه تخمین زده می شود اندوفیت ها درتمام گونه های گیاهی وجود دارند، تعداد کمی از گیاهان در ارتباط با بیولوژی قارچ های اندوفیت به طور کامل مورد مطالعه قرار گرفته اند. اندوفیت ها منبع اصلی ترکیبات طبیعی جدید مورد استفاده در پزشکی، کشاورزی و صنعت هستند. در علم پزشکی مشکل اصلی در ارتباط با داروهایی که منشاء طبیعی دارند، تولید مقدار کم آنها می باشد. از این رو گرایش به سمت تولید ترکیبات با ارزش از میکروارگانیسم ها و در این میان قارچ های اندوفیت، می باشد. به منظور شناسایی برخی قارچ های اندوفیت درختان آلبالو و گیلاس، نمونه برداری در طی فصل پاییز سال 1392 و فصول پاییز، بهار و تابستان سال های 1393 و 1394، از شاخه ها و برگ های سالم درختان واقع در استان های البرز، آذربایجان غربی، آذربایجان شرقی، اردبیل، ایلام، اصفهان، تهران، زنجان، خراسان جنوبی، کردستان، قزوین و کرمان انجام گرفت. پس از انتقال نمونه های گیاهی به آزمایشگاه، ابتدا نمونه های گیاهی به مدت 10 دقیقه زیر جریان آب شیر شستشو داده شدند. سپس نمونه های گیاهی به قطعاتی بریده شدند و به منظور ضد عفونی سطحی، قطعات حاصل به مدت یک دقیقه در اتانول 70 درصد و به دنبال آن به مدت یک دقیقه در محلول هیپوکلریت سدیم 5/0 درصد و دوباره به مدت 30 ثانیه در اتانول 70 درصد قرار داده شدند. قطعات گیاهی در نهایت با آب مقطر استریل شستشو داده شدند. سپس قطعات گیاهی به روی محیط کشت آب- آگار دو درصد منتقل شدند و به مدت هفت الی 14 روز درون انکوباتور با دمای 25 درجه سلسیوس و شرایط تاریکی مداوم نگهداری شدند. خالص سازی جدایه های بدست آمده به روش نوک هیف صورت گرفت. شناسایی جدایه های قارچی بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی و با استفاده از توصیفات معتبر انجام گرفت. بر این اساس، آرایه های قارچی مختلفی شامل؛ Acremonium sordidulum، Ampelomyces sp.، Aureobasidium namibiae، Cyclothyrium sp.، Coniothyrium aleuritis، Cytospora chrysosperma، C. leucostoma ، Paraconiothyrium variabile، Sarocladium strictum و Scytalidium dimidiatum به عنوان قارچ های اندوفیت از درختان آلبالو و گیلاس در ایران شناسایی شدند. آرایه های Acremonium sordidulum، Aureobasidium namibiae و Paraconiothyrium variabile برای فلور قارچی ایران جدید بوده و برای نخستین بار معرفی می گردند. همچنین تمامی گونه های شناسایی شده در این تحقیق برای نخستین بار به عنوان قارچ اندوفیت از درختان آلبالو و گیلاس در دنیا گزارش می شوند.