گونه Trichoderma harzianum یکی از فراوان ترین گونه های جنس Trichoderma است، که می تواند در مکان های اکولوژیکی متنوعی رشد کند با توجه به اهمیت و تأثیر این گونه از Trichoderma در زندگی انسان، درک ساختار ژنتیکی آن بسار مهم می باشد. با توجه به اینکه شناسایی تنوع درون گونه T.harzianum به وسیله ی ویژگی های مورفولوژیکی بسیار دشوار است در پژوهش های مختلف از روش‌های مولکولی متفاوتی برای بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه استفاده شده است. استفاده از نشانگرهای مولکولی دی ان ای روش سریع و دقیقی در مطالعات تنوع ژنتیکی برای به دست آوردن بینشی در مورد ساختار پیچیده جمعیت های گونه های تریکودرما می باشد. جدایه‌های تریکودرما سطوح بالایی از تنوع ژنتیکی را نشان می‌دهند و می‌توانند برای تولید محصولات تجاری و منافع اکولوژیک مورد استفاده قرار بگیرند، همچنین با تعیین تنوع ژنتیکی گونه غالب تریکودرما و در صورت بالا بودن میزان تنوع ژنتیکی می‌توان از این شاخص جهت انتخاب جدایه‌هایی با قابلیت آنتاگونیستی بالا استفاده کرد. با توجه به اینکه در ریزوسفر آفتابگردان در شمال استان آذربایجان غربی تاکنون مطالعه‌ای مبنی بر تعیین تنوع ژنتیکی این گونه صورت نپذیرفته است در این مطالعه برای بررسی تنوع درون گونه ای، از نشانگر مولکولی Rep-PCR(Repetitive element-base) استفاده شد. تنوع ژنتیکی 77 جدایه از قارچ T.harzianum مـؤثر در کنترل بیولوژیک که با استفاده از ژنTef1 توالی یابی شده و از ریزوسفر آفتابگردان در شمال استان آذربایجان غربی جدا شده ، با استفاده از نشانگر مولکولی مذکور مورد ارزیابی قرار گرفت. با به کارگیری سه آغازگر از این نشانگر، الگوی باندی دی ان ای جدایه ها بدست آمد. این آغازگرها در مجموع توانستند 80 لوکوس (جایگاه ژنی) تولید کنند که چندشکلی حاصل از آن ها 98% برآورد شد. بر این اساس تنوع ژنتیکی بین جدایه ها محاسبه و قرابت ژنتیکی آنها با استفاده از تجزیه خوشه ای با نرم افزار NTSYS تعیین گردید. در بین آغازگرهای به کار برده شده آغازگر ERIC1R بیشترین مقدار شاخص نشانگری (MI) را نسبت به دیگر آغازگرها نشان داد که نشان دهنده کارایی بهتر و قدرت تمایز این آغازگر در تفکیک جدایه ها از یکدیگر می باشد. در سطح تشابه 42 درصد پنج گروه ژنتیکی مشاهده شد. گروه اول 10 درصد ،گروه دوم 83 درصد و گروه چهارم سه درصد جدایه‌ها را شامل شدند. گروه‌های سوم و پنجم هر یک تنها شامل یک جدایه بودند. در سطح تشابه 64 درصد جدایه‌ها در 30 گروه دسته بندی شدند. همچنین به جز چند مورد، بین پراکنش جغرافیایی جدایه ها و الگوهای باندی حاصل از آغازگرها ارتباط مشخصی وجود نداشت. نتایج کلی این تحقیق نشان داد که نشانگر rep-PCR ابزاری قوی برای تعیین تنوع ژنتیکی درون گونه T.harzianum می باشد.
