نیشکر (Saccharum officinarum L.) یکی از گیاهان قندی مهم است که بخش اصلی شکر مصرفی مردم جهان را تأمین می‌کند. ویروسهای ایجاد کننده موزائیک یکی از مخرب‌ترین و گسترده‌ترین بیماریهای ویروسی نیشکر هستند. ویروس موزائیک نواری نیشکر، گونهای از جنس جدید Poacevirus در خانواده Potyviridae است و علائم آن مختلط با سایر ویروسهای ایجاد کنندهی موزائیک در ویروس موزائیک نیشکر و ویروس موزائیک سورگوم است. با توجه به راهبردی بودن زراعت نیشکر در استان خوزستان و نامشخص بودن وضعیت آلودگی به این ویروس در اراضی استان این تحقیق جهت ردیابی و تعیین پراکنش ویروس موزائیک نواری نیشکر و بررسی فیلوژنی جدایههای بومی استان با سایر استرینهای شناخته شده برنامهریزی شد. در سال زراعی 1394-1393، برگهای حاوی علائم از مزارع جمعآوری و بر روی یخ به آزمایشگاه منتقل شدند. آر ان آ کل از بافت برگ با استفاده از روش تغییر یافته و بهینه شده مبتنی بر مصرف فنل کلروفرم و بافر تنس استخراج شد. نسخهبرداری معکوس و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با استفاده از جفت پرایمر اختصاصی رفت و برگشت SCSMV-F/R طراحی شده از توالی پروتئین پوششی و NIb پروتئین برای تکثیر قطعهای به طول 570 کیلو باز انجام شد. بر اساس آنالیز محصولات واکنش زنجیره‌ای پلیمراز و با در نظر گرفتن تکثیر ناحیه هدف، از 90 نمونه بررسی شده مربوط به شش کشت و صنعت نیشکر، 16 نمونه آلوده به ویروس موزائیک نواری نیشکر تشخیص داده شد. قطعات تکثیری با استفاده از روش رسوب با اتانول خالصسازی و سپس توالییابی شدند. توالی‌های بدست آمده ویراستاری و مونتاژ شدند. توالی شش نمونه مربوط به سه کشت و صنعت نیشکر در بانک ژن ذخیره و تحت شماره‌های دسترسی KR868693، KU297228،KU323638 ، KU297229، KR920050 و KU297230 قرار گرفتند. پس از ویراستاری توالیها؛ جستجوی BLASTn برای بررسی میزان شباهت توالی جدایههای مورد مطالعه با توالی استرینهای مرجع انجام گرفت و بر اساس آن جدایهها بیش از 90 درصد شباهت با سایر استرینهای های موجود در بانک ژن نشان دادند. جدایههای SCSMV-3 و SCSMV-39 به ترتیب با 97 و 96 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از پاکستان و جدایههای SCSMV-33، SCSMV-34 و SCSMV-36 با 93 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از چین نشان دادند. همچنین جدایه SCSMV-37 با 96 درصد شباهت بالاترین شباهت را با استرینی از پاکستان نشان داد. درخت فیلوژنتیکی بر اساس الگوریتم درستنمایی بیشینه ترسیم و مشخص شد که استرینهایی از پاکستان و هند به همراه جدایههای بومی یک کلاد و استرینهایی از هند، چین، اندونزی، ژاپن و تایلند در یک کلاد متفاوت قرار گرفتند. آنالیز درستنمایی بیشینه نشان داد که استرینهایی از پاکستان و هند به همراه جدایههای ایران از جمعیتهای این ویروس از مناطق مختلف چین، اندونزی و تایلند منشأ گرفتهاند.
