در دنیا سالانه میزان زیادی از کودهای شیمیایی در کشاورزی مورد استفاده قرار می گیرند که بسیاری از آنها دارای محصولات جانبی سمی بوده و به دلیل مصرف طولانی مدت سبب آلودگی محیط زیست می شوند. استفاده از باکتری های تقویت کننده رشد گیاه می تواند جایگزین نسبی خوبی برای کودهای شیمیایی باشد. باکتری Pantoea ananatis یکی از باکتری های رایج همراه با گیاه می باشد که به عملکرد القای رشدی آن در منابع مختلف اشاره شده است. جهت شناسایی باکتری فوق از شالیزارهای استان گیلان در تابستان 1394، بذور برنج عاری از علائم آلودگی جمع آوری گردید و بلافاصله به آزمایشگاه بخش گیاهپزشکی موسسه تحقیقات برنج کشور در استان گیلان انتقال داده شد. باکتری های قابل کشت همراه بذور به روش های اپیفیت و اندوفیت جداسازی و یک لوپ از سوسپانسیون هر نمونه در محیط کشت Nutient Agar (N.A) کشت داده شد. پس از 24 تا 48 ساعت بر اساس مطالعات ظاهری، کلنی های باکتری که از نظر شکل و رنگ دارای مشخصاتی نزدیک به مشخصات کلنی باکتری Pantoea ananatis بودند جداسازی و خالص سازی گردیدند. پس از انجام آزمون های بیوشیمیایی اولیه شامل تست گرم، آزمون های کاتالاز، اکسیداز، سیترات و آزمون تولید ایندول و تولید اسید از ساکاروز، مانیتول، سوربیتول و مالتوز ناحیه 16 S دی. ان. ای ریبوزومی آنـها تکثیر و با استفاده از آنـزیم هـای برشی Hinf I و Tru I چند شکلی طـولی قطـعات این ناحـیه در باکتـری هـای مورد آزمـون توسـط نرم افزار NTSYS ver2 با ضریب تشابـه دایـس برای تعیین تشابـه ایـزوله ها و روش UPGMA مـورد بررسـی قرار گرفت. بر اساس نتایـج حاصل از برش آنـزیمی، چـند نماینده از بین باکتری های مورد مطالعه انتخاب و ناحیه تکثیر شده در آنها توالی یابی گردید. توالی های به دست آمده در مرکز ملی داده های زیست فناوری، بلاست و مورد شناسایی قرار گرفته و ثبت گردیدند. بر اساس نتایج به دست آمده از بلاست در بانک ژن، هر یک از ایزوله های G3nB1, JpB1, OpB3, L3pB3 که به عنوان نماینده جهت توالی یابی ناحیه 16 S دی. ان. ای ریبوزومی انتخاب شده بودند به ترتیب با میزان تشابه 96%، 98%، 98% و %95 بیشترین تشابه را به باکتری Pantoea ananatis داشتند. نتایج نشان داد که باکتری فوق هم به صورت اندوفیت و هم به صورت اپیفیت یکی از رایج ترین باکتری های همراه بذر در نمونه های جمع آوری شده از مناطق مختلف استان گیلان می باشد. انگشت نگاری ژنومیکی حاصل از برش آنزیمی ناحیه 16 S در سطح 92%، ایزوله های مورد بررسی را به دو گروه کلی تقسیم نمود که نشان دهنده آن است که ایزوله های Pantoea ananatis مورد مطالعه از بذور برنج در استان گیلان تنوع چندانی نداشتند.
