گیاه برنج زراعی، با نام علمی Oryza sativa L. از خانواده غلات (Poaceae)، یکی از قدیمی‌ترین گیاهانی است که در جهان کشت می‌شود. برنج به عنوان یکی از محصولات عمده غذایی، در بیش از 110 کشور جهان کشت می‌شود و حدود 90 درصد برنج دنیا در قاره آسیا تولید می‌گردد. بیشترین نقش را پس از گندم، برنج در تغذیه مردم ایران دارد. حدود 75% از زمین های زیر کشت برنج در ایران، به استان های گیلان، مازندران و گلستان تعلق دارند. بیماری پوسیدگی طوقه برنج (bakanae or foot rot disease) یکی از مهم‌ترین بیماری‌های این محصول در مناطق برنج کاری سراسر دنیا مخصوصاً مشرق زمین می‌باشد و در کشور ایران نیز شیوع زیادی دارد. این بیماری از قدیمی‌ترین بیماری‌های آلوده کننده برنج در آسیا است. در طی تابستان سال‌های 1393 و 1394 نمونه برداری گسترده ای از طوقه، ساقه و غلاف گیاهان برنج دارای علائم بیماری و همچنین ریشه گیاهان برنج با علائمی همچون ضعف و یا تغییر رنگ در اندام هوایی در مزارع استان های گیلان، مازندران و گلستان انجام گردید. پس از ضدعفونی سطحی، نمونه‌ها به تشتک‌های پتری حاوی محیط کشت اختصاصی PPA و دمای C°25 منتقل گردیدند. صد و نود هفت ایزوله فوزاریوم بدست آمده شامل 102جدایه از استان مازندران، 43 جدایه از استان گیلان و 52 جدایه از استان گلستان از قارچ جنس Fusarium جداسازی و خالص‌سازی گردید. جهت شناسایی ریخت شناختی جدایه‌های فوزاریوم از صفات ماکروسکوپی مانند رنگ، نحوه رشد و سرعت رشد شعاعی پرگنه قارچ بر روی محیط کشت غذایی PDA پس از یک یا دو هفته نگهداری در دمای C°25 در تاریکی و صفات میکروسکوپی نظیر وجود یا عدم وجود میکروکنیدیوم و شکل آن‌ها و همچنین نحوه تولید آن‌ها به صورت زنجیره یا سرهای کاذب و نوع فیالید پس از یک هفته رشد بر روی محیط کشت SNA در شرایط تاریکی و دمایC° 22-20. اندازه و شکل ماکروکنیدیوم و وجود یا عدم وجود اسپوردوکیوم پس از 14-10 روز نگهداری روی محیط کشت CLA در دمای C°20 تحت نور فلئورسنت با تناوب 12 ساعت، استفاده گردید. به منظور تاًیید شناسایی ریخت شناختی، از آغازگرهای اختصاصی گونه‌ها و تعیین توالی ناحیه ژنی TEF استفاده گردید. در نهایت بعد از تلفیق ویژگی‌های ریخت شناختی و داده‌های مولکولی، هفت گونه شامل F. fujikuroi،F. verticillioides ، F. globosum ، F. incarnatum، F. oxysporum، F. solani و F. andiyazi از ریشه، طوقه، ساقه و غلاف برنج در استان‌های شمالی ایران شناسایی گردید. گونه F. fujikuroi، گونه غالب در استان‌های شمالی می‌باشد. در این مطالعه، گونه F. andiyazi از روی میزبان برنج در ایران گزارش می گردد.
