قارچ‌های اندوفیت به عنوان گروهی از میکروارگانیسم‌ها توصیف شده‌اند که بافت‌های داخلی گیاهان را کلنیزه نموده و تمام یا بخشی از چرخه زندگی خود را در این مکان سپری می‌کنند، بدون اینکه آسیب یا بیماری مشهودی در گیاه میزبان ایجاد نمایند. قارچ‌های اندوفیت از جنبه‌های مختلف دارویی، کشاورزی، اکولوژیکی، بوم‌شناختی و زیستی اهمیت دارند. به منظور شناسایی قارچ‌های اندوفیت درختان سیب (Malus domestica Borch) در شهرستان‌های ارومیه، نقده و میاندوآب، طی تابستان و زمستان سال 93 نمونه برداری از شاخه، برگ و پوست درختان سالم سیب در باغات مختلف این شهرستان‌ها انجام گرفت. ضدعفونی سطحی نمونه‌ها به ترتیب با استفاده از اتانول 75% به مدت 2 دقیقه، هیپوکلریت سدیم 2% به مدت 3 دقیقه و اتانول 75% به مدت 1 دقیقه و سپس سه بار شستشو با آب مقطر سترون انجام گرفت. نمونه‌ها در تشتک‌های پتری حاوی محیط کشت سیب زمینی دکستروز آگار کشت و به مدت 4 هفته در انکوباتور با دمای 25 درجه سلسیوس نگهداری شدند. قارچ‌های رشد یافته از حاشیه‌ی نمونه‌ها، جداسازی و به روش تک هاگ و برداشتن نوک ریسه خالص‌سازی شدند. در مجموع 350 جدایه‌ی مختلف قارچی به دست آمد. 14/37% جدایه‌ها از بخش‌های مختلف برگ، 28/34% جدایه‌ها از شاخه‌های یک‌ساله و دوساله و 57/28% جدایه‌ها نیز از پوست درختان سیب جداسازی گردید. بر اساس مطالعه ویژگی‌های ریخت شناختی، 26 گونه قارچی متعلق به 12 جنس مختلف شناسایی شدند. گونه‌های شناسایی شده شامل Alternaria alternata، A. arborescens، A. consortialis، A. destruens، A. dumosa، A. infectoria، A. malorum، A. senesionicola، A. tenuissima، A. turkisafria، Arthrinium arundinis، A. saccharicola، Aspergillus fumigatus، A. niger، A. persii، Chaetomium elatum، Ch. globosum، Cytospora chrysosperma، Dicyma ampullifera، Doratomyces microsporus، Paraconiothyrium africanum، Periconia sp.، Stemphylium vesicarium، Trichoderma harzianum، T. longibrachiatum و Trichothecium roseum بودند. در بین قارچ‌های شناسایی شده جنس Dicyma و 3 گونه شامل Alternaria senecionicola، Dicyma ampullifera و Doratomyces microspores آرایه‌های جدیدی برای فلور قارچی ایران هستند. تعداد 22 گونه از قارچ‌های شناسایی شده برای فلور قارچی سیب در ایران جدید می‌باشند. همچنین به غیر از گونه‌های Alternaria alternata، A. infectoria و A. tenuissima بقیه گونه‌ها برای اولین بار به عنوان قارچ‌های اندوفیت از درختان سیب در دنیا گزارش می‌شوند. در میان گونه‌های شناسایی شده، گونه‌های Alternaria tenuissima و A. infectoria بیشترین فراوانی و گونه‌های Aspergillus fumigatus، Chaetomium elatum، Ch. Globosum، Dicyma ampullifera، Doratomyces microsporus، Paraconiothyrium africanum و Trichothecium roseum کم‌ترین فراوانی را به خود اختصاص دادند. این تحقیق اولین مطالعه روی قارچ‌های اندوفیت برگ، شاخه و نیز پوست از درختان سیب در ایران و دنیا می‌باشد.
