جاروک یونجه یکی از مهمترین بیماری‌های یونجه در ایران است. مناطق گسترش بیماری در ایران طی سال‌های 1392 تا 1394 براساس علایم مشخص بیماری، آزمایش الایزا با آنتی بادی چند همسانه‌ای و واکنش‌های زنجیرهای پلیمراز تعیین شد. پس از تعیین مزارع آلوده و نمونه‌گیری از آن‌ها براساس خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی، فیتوپلاسماهای همراه با بیماری جاروک یونجه در مناطق مختلف ایران تشخیص داده شد. فیتوپلاسمای همراه با بیماری جاروک یونجه با استفاده از سس از یونجه به پروانش انتقال یافت و علایم مرتبط با فیتوپلاسما دیده شد. فیتوپلاسمای عامل بیماری با استفاده از پیوند به گیاه پروانش منتقل و در این گیاه تکثیر و نگهداری شد. نمونه‌های یونجه دارای علایم جاروک و پروانش های مایه زنی شده در گلخانه در آزمون واکنش زنجیرهای پلیمراز مستقیم با استفاده از جفت آغازگر P1/P7 و واکنش زنجیرهای پلیمراز دومرحله ای با استفاده از جفت آغازگرهای P1/P7 در مرحله ی اول و آغازگرهای R16mR2/R16mF2 و R16F2n/R16R2 در مرحله دوم واکنش مثبت نشان دادند. با استفاده از آغازگرهای بالا به ترتیب قطعات با اندازه‌های تقریبی 1800، 1400 و 1200 جفت باز تکثیر شد. نمونه‌های فیتوپلاسماها با آزمون‌های چند شکلی طولی قطعات برشی (RFLP) حقیقی و مجازی با استفاده از ترادف محصول PCR دو مرحله‌ای با جفت آغازگر R16F2n/R16R2 و ترادف ناحیه تکثیری این جفت آغازگر (حدود 1250 جفت باز از ژن آر ان ای ریبوزومی (16S مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که فیتوپلاسمای همراه با جاروک یونجه در ایران به چهار گروه RNA ریبوزومی شامل 16SrI، 16SrII، 16SrVI و 16SrXII تعلق دارند. استرین‌های وابسته به گروه 16SrI فقط در استان آذربایجان غربی دیده شدند که متعلق به زیرگروه‌های شناخته شده نبودند. زیرگروه‌های C و D از گروه 16SrII در استان‌های یزد، سیستان و بلوچستان، کرمان، اصفهان، همدان، خوزستان، خراسان رضوی و جنوبی، فارس و بوشهر ردیابی شدند. دو استرین فیتوپلاسمای همراه با جاروک یونجه از مناطق جویم در استان فارس و چاهگیر ابرکوه در استان یزد بر اساس توالی 1200 جفت باز از نواحی ژن 16S و ناحیه‌ی بین ژنی 16S و 23S در زیر گروه C از گروه 16SrII قرار گرفتند. این دو استرین براساس علایم انتقال در گیاهان محک و انتقال با ناقل با هم متفاوت و از نظر ارتباط سرولوژیکی قابل تفکیک بودند. یک استرین که وابسته به گروه 16SrVI از زیر گروه A بود فقط در دو منطقه‌ی یونجه‌کاری بین استان‌های آذربایجان شرقی و زنجان و همچنین چاهگیر ابرکوه در استان یزد مشاهده شد. استرین‌های فیتوپلاسمای گردآوری شده از استان‌های آذربایجان شرقی، کردستان، لرستان، چهار محال و بختیاری، همدان، یاسوج، فارس و کرمانشاه وابسته به گروه 16SrXII زیر گروه A بودند. فیتوپلاسمای غالب گردآوری شده از مناطق غربی کشور وابسته به زیر گروه 16SrXII-A و فیتوپلاسمای غالب مناطق مرکزی و شرقی وابسته به زیر گروه 16SrII-D بودند.
