پژمردگی آوندی فوزاریومی و ورتیسیلیومی از مهمترین بیماری های شایع در بسیاری از گیاهان می باشد که دامنه میزبانی وسیعی دارند. گیاه بادنجان از جمله میزبان های حساس به این دو بیماری مهم می باشد. در این تحقیق به منظور شناسایی و ارزیابی مقاومت لاین های اصلاحی مختلف بادنجان نسبت به بیماری پژمردگی آوندی فوزاریومی و ورتیسیلیومی، ابتدا عوامل مهم و شایع بیمارگر قارچی عامل پژمردگی در مناطق مختلف کشت محصول در کشور و میزان خساتزایی آنها در توده های حساس مورد بررسی قرار گرفت. در طول فصل زراعی نمونه ها از مناطق بادنجان کاری مهم در کشور شامل دزفول، میناب، اراک، ساوه، اصفهان، قائم شهر، سنندج و کرج جمع آوری گردید. نمونه های تهیه شده به آزمایشگاه منتقل گردید. در آزمایشگاه، عامل بیماری از محیط های کشتPDA, WA برای جداسازی و خالص سازی و محیط های CLA، SNAو ZDB به ترتیب برای شناسایی گونه های قارچی فوزاریوم و ورتیسیلیوم استفاده گردید. در مجموع تعداد30 جدایه قارچی فوزاریوم و 10 جدایه قارچی ورتیسیلیوم جداسازی و مورد بررسی مورفولوژیکی و تاکسونومیکی قرار گرفت. نتایج حاصله نشان داد که عوامل بیماری فوزاریومی پژمردگی بادنجان به یکی از گونه های F.oxysporum F.solani, F.chlamydosporum, F. sambucinum و عامل ورتیسلیومی به گونه Verticillium dahliae تعلق داشتند. در بین جدایه های قارچی فوزاریوم، فراوانی نسبی جدایه های قارچی متعلق به گونه F. oxysporum با تعداد (15) جدایه بالاتر از سایر گونه ها بود. آزمون بیماریزایی جدایه های قارچی نماینده از مناطق و گونه های مختلف به روش Root dip و با استفاده از سوسپانسیون اسپور قارچ فوزاریوم و ورتیسیلیوم به ترتیب به میزان 〖10〗^6 و 〖10〗^7 اسپور در میلی لیتر انجام گرفت. یک هفته پس از انجام مایه زنی نتایج پیشرفت بیماری روی گیاهچه ها بررسی و یادداشت برداری شد. یادداشت برداری ها به مدت یک ماه در فواصل زمانی 5 روز با استفاده از سیستم نمره دهی AUDPC برای قارچ فوزاریوم و سیستم نمره دهی براساس شاخص های علایم برگی(LSI) و تغییر رنگ آوندی (VDI) برای قارچ ورتیسیلیوم انجام شد. نتایج حاصل از ارزیابی ویرولانس جدایه های عامل بیماری نشان داد که جدایه های قارچی فوزاریومی متعلق به گونه های قارچی(F. oxysporum, F. solani ) جدا شده از مناطق کرج و میناب (KR1-BS) در هر دو توده محلی ورامین و دزفول با میانگین AUDPC به میزان (15 و 17.5) نسبت به سایرین از بیماریزایی بالاتری برخوردار بودند. همچنین جدایه قارچی V. dahliae با شاخص علایم برگی و تغییر رنگ آوندی به ترتیب به میزان (6 و 5) از منطقه(صفی آباد) در توده های دزفول و مازندران بیسترین خسازتزایی را داستند.