آلودگی های قارچی پنبه دانه ها ممکن است در مزرعه و انبار موجب کاهش کیفیت محصول و یا پس از کاشته شدن در خاک موجب بیماری های گیاهچه ها شوند. بیشترین خسارت زمانی اتفاق می افتد که بذرها پس از کاشت در خاک مورد حمله قرار گرفته و پوسیده و یا کیفیت آن ها کاسته می گردد. چنین حالتی منجر به تولید گیاهچه های ضعیف و بیمار و کاهش تعداد بوته در مزرعه می شود. برای بررسی میکوفلور بذرها، پس از جمع آوری نمونه های وش از مزارع تولید کننده بذر سوپر الیت در منطقه ورامین و انجام عملیات جین زنی، چهارصد عدد بذر کرکدار برای بررسی سوا شد و چهارصد عدد بذر دیگر به منظور کرک گیری یا اصطلاحاً دلینته (delinter) کردن، به مدت یک دقیقه با اسید سولفوریک 98 درصد تیمار، با آب شستشو داده و جهت خشک شدن، برروی یک سطح صاف و تمیز پهن گردیدند. در مرحلۀ بعد از هر تیمار، 100 عدد بذر کامل (دست نخورده)، 100 عدد پوستۀ بذر و 100 عدد جنین بذر در تشتک های جداگانه حاوی محیط PDA کشت و در انکوباتور در دمای 25 درجه سانتی گراد نگهداری شدند. برای بررسی آلودگی های بذرزاد گیاهچه، 100 عدد بذر کامل به ازای هر یک از تیمارها درون ماسه ساحل سترون به طور مجزا کاشته شدند. پس از گذشت دو هفته و رویش گیاهچه ها، آن دسته از گیاهانی که علایم بیماری داشتند، از گلدانک ها بیرون آورده و پس از شستشوی اولیه با آب و ضدعفونی سطحی با محلول هیپوکلریت سدیم 5/0 درصد، قطعات کوچک آلوده، انتخاب و در محیط PDA حاوی آنتی بیوتیک کشت شدند. در صورت نروییدن برخی از بذرها، کل بذر، پس از طی مراحل ضدعفونی سطحی، کشت داده شد. شناسایی جدایه های قارچی به دست آمده بر اساس ویژگی های مورفولوژیک انجام شد. از کشت بذرهای دلینته به صورت کامل، پوسته، جنین و نیز بذرهای نروییده یا گیاهچه های دارای علائم، قارچ های Alternaria sp.،Aspergillus sp. ، Cladosporium sp.، Rhizopus sp.، Myrothecium sp. و Penicillium sp. جدا گردیدند که از کشت بذرهای کرکدار فاقد تیمار شیمیایی علاوه بر موارد فوق، قارچ های Cephalosporium sp.، Fusarium sp. و Rhizoctonia sp. نیز جدا شدند. در نهایت، تنها 32 درصد گیاهچه های حاصل از کشت بذرهای کرکدار، فاقد هر گونه علائم بیماری بودند، که این عدد پس از تیمار با اسید، برای بذرهای دلینته به 80 درصد رسید که حاکی از تأثیر تیمار مذکور در کاهش بیماری های گیاهچه می باشد. این در حالی است که در هر دو تیمار، از کشت بخش های مختلف بذرها همواره حداقل یک جدایۀ قارچی متعلق به جنس های مورد اشاره، به دست می آمد.
