بیماری‌های پوسیدگی فوزاریومی یا پوسیدگی یک طرفه ساقه و نیز پوسیدگی ذغالی کنجد که به ترتیب بر اثر قارچ‌هایFusarium oxysporum f.sp. sesame (FOS) و Macrophomina phaseolina (MP) به وجود می آیند از مهم‌ترین عوامل ایجاد بوته‌میری پیش و پس-رویشی کنجد در ایران و جهان محسوب می شوند. جهت ارزیابی سطوح مقاومت در تعدادی از ارقام و ژنوتیپ‌های کنجد، نمونه‌های بوته‌میری از نقاط مختلف کشور جمع‌آوری و قارچ‌های یادشده بالا از آنها جدا و خالص سازی شده، سپس با استفاده از صفات ریخت شناسی تعیین گونه شدند. آزمون بیماریزائی71 جدایه فوزاریوم و همچنین 26 جدایه ماکروفومینا درون تشتکهای پتری حاوی محیط کشت SNAبرای جدایه های فوزاریوم و محیط کشت آب-آگار(WA) برای جدایه‌های ماکروفومینا انجام شد. یک جدایه بدست‌آمده از کرج به عنوان منتخب جدایه‌های فوزاریوم و و پنج جدایه منتخب ماکروفومینا از نقاط مختلف کشور که دارای بیشترین میزان بیماریزائی روی بذور جوانه‌زده کنجد رقم داراب14 بودند، برای آزمون‌های ارزیابی‌های مقاومت ارقام به‌کار گرفته شدند. واکنش ارقام و ژنوتیپ‌ها به طور جداگانه برای هر عامل بیماریزا انجام گرفت. واکنش ارقام به گونه فوزاریوم یاد شده، با دو روش صورت پذیرفت. روش اول درون تشتکهای پتری حاوی محیط کشت SNA صورت گرفت که در آن بذرهای جوانه‌زده سالم هر رقم بر روی محیط‌کشت واقع شده و چهار روز بعد درصد مرگ و میرگیاهچه‌ها ثبت گردیدند. ژنوتیپ‌های جیرفت13 و دشستان2 میزان بالائی از تحمل به این بیمارگر را نشان دادند. در روش دوم، ریشه گیاهچه‌های بیست و پنج رقم و لاین مختلف را درون سوسپانسیون اسپور با غلظت 6 10 اسپور در میلی‌لیتر به‌مدت پنج دقیقه غوطه‌ور سپس به گلدانهای حاوی ماسه و پرلیت نشاکرده و در گلخانه 25 درجه سانتیگراد نگهداری شدند. یادداشت‌برداری‌ها 15روز بعد با استفاده از یک مقیاس 5-0انجام شد. از هر رقم 3 تکرار و در هر تکرار 10 گیاهچه نشا گردید. نتایج این آزمون نشان داد که ژنوتیپ‌های محلی‌مغان ،مغان19 ،GL91/027 و هندی11 تحمل نسبتاً بالائی به قارچ بیمارگر داشتند. در فاز دوم این تحقیق، برای ارزیابی واکنش ارقام به جدایه‌های منتخب ماکروفومینا، بذرهای جوانه‌زده 75 رقم، لاین و توده مختلف را به مدت پنج دقیقه از ناحیه ریشه، درون سوسپانسیون میسلیوم مخلوطی از جدایه‌های قارچ قرار داده شدند. گیاهچه های مایه‌زنی شده را به روی کاغذهای صافی لوله شده منتقل و در دمای 32 درجه سانتیگراد در تاریکی نگهداری و پس از سه روز، واکنش ارقام با استفاده از مقیاس مشاهده‌ای 5-1 ثبت گردیدند. محاسبات توزیع کای برای مشاهدات هر رقم نشان داد که توده پتک موسیان دارای بالاترین سطح تحمل به بیماری بود. توده محلی ایرانشهر و لاین3 صفی‌آباد، آلودگی کمتر(تحمل بیشتری) به بیماری ناشی از قارچ ماکروفومینا نشان دادند.
