بوته میری کنجد ناشی از عوامل قارچی نقش مهمی در کاهش عملکرد سالیانه این محصول داشته و ارزیابی مقاومت ارقام کنجد به عوامل بیماریزای قارچی، از اهداف اصلی اصلاح‌گران این محصول محسوب میگردد. دو عامل اصلی بوته میری کنجد در کشور،قارچ‌های Fusarium oxysporumf.sp. sesame و Macrophomina phaseolinaمی باشند که از اکثر نقاط ایران و جهان گزارش شده‌اند. این عوامل بیماریزا در تمام مراحل رشدی قادر به آلوده کردن کنجد هستند. به‌منظور تعیین سطوح مقاومت ارقام و لاین‌های کنجد به هردوگونه ی بیمارگر یادشده در شرایط طبیعی، هشتاد و یک رقم و ژنوتیپ کنجد در یک مزرعه آلوده به عوامل بیماریزای قارچی یاد شده واقع در مزرعه 400 هکتاری موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذرواقع در کرج در قالب طرح لاتیس ساده در دو تکرار در سه سال متوالی کاشته شدند. پوسیدگی فوزاریومی به صورت یک طرفه به همراه پوشش سفید رنگی روی ساقه دیده می شود در حالیکه در پوسیدگی ذغالی تمام بافت ساقه خاکستری شده و به صورت گرد ذغال روی آن مشاهده میگردد.در پایان سال اول بوته‌های آلوده از نقاط مختلف جمع‌آوری و پس از خرد کردن، به مزرعه افزوده شدند. در پایان هر فصل رویشی درصد بوته‌های آلوده به بوته‌میری یادداشت شده و با استفاده از مقیاس پنج قسمتی سطوح مقاومت آنها تعیین گردید. برای اطمینان از حضور قارچ بیمارگر، تعدادی از ساقه‌های آلوده روی محیط کشت سیب‌زمینی دکستروز آگار نیم‌غلظت کشت شدند و دو گونه یاد شده با استفاده از خصوصیات ریخت‌شناسی شناسایی گردیدند. داده‌های جمع‌آوری شده با استفاده از نرم‌افزار SAS 9.2 تجزیه و تحلیل آماری گردیدند. نتایج در هر سه سال نشان داد که هیچ‌کدام از ارقام و ژنوتیپ‌ها مصون از بیماری نبوده و به‌درجات مختلف به این بیماری آلوده شدند. . نتایج سال اول نشان داد که لاین‌های مغان17 و عراقی2، واکنش نسبتاً مقاوم و لاین‌های مغان3، ژاپنی 142 و کرج1 متحمل بودند. بقیه ارقام و لاین‌ها به عنوان حساس و نسبتاً حساس دسته‌بندی شدند. در سال دوم لاین مغان19 با متوسط آلودگی اصلاح شده زیر 1% به عنوان لاین نسبتاً مقاوم و لاین‌های هندی12، مغان14، مغان5 و هندی9 در سطح لاین‌های متحمل قرار گرفتند. نتایج سال سوم نشان داد که لاین‌های مغان17 و مغان14 در سطح نسبتاً مقاوم و لاین‌های ژاپنی142، محلی سیستان، مغان19، کرج1، عراقی2 ، مغان3، ناز چند شاخه،محلی مغان و مغان13 در سطح ارقام و لاین‌های متحمل قرار گرفتند. نتایج این تحقیق و ارزیابی‌های آزمایشگاهی حاکی از بالا بودن سطوح مقاومت در ارقام و لاین‌های به‌دست آمده از منطقه مغان می‌باشد.
