بیماری‌های تنه و شاخه به عنوان یک تهدید بالقوه در مناطق کشت و پرورش درختان میوه هسته‌دار در دنیا مطرح هستند، عوامل مختلفی در ایجاد این بیماری‌ها دخالت دارند و درختان میوه هسته‌دار را در تمامی مراحل رشد تحت تاثیر قرار می‌دهند. علائم بیماری بیشتر به صورت کاهش رشد و باروری، شانکر تنه و شاخه، سرخشکیدگی، درجات مختلفی پوسیدگی میوه ظاهر می‌شود، که در نهایت منجر به مرگ تدریجی درخت یا زوال در طول سال‌های متمادی می‌گردد. بی شک، یکی از مهمترین عواملی که می‌تواند در کاهش عملکرد گونههای مختلف درختان میوه هسته‌دار تاثیر گذار باشد، شیوع بیماری‌های قارچی متنوعی است که اندام‌های مختلف درختان را تحت تاثیر قرار می‌دهند و باعث کاهش کمی و کیفی محصولات این درختان می‌گردند. به منظور مطالعه قارچ‌های همراه علایم شانکر درختان هسته‌دار نظیر آلو قطره طلا، آلو سیاه، گوجه سبز (Prunus domestica)، آلبالو (Prunus cerasus)، گیلاس (Prunus avium)، زردآلو (Amygdalus armeniaca)، هلو و شلیل (Prunus persica) در استانهای خراسان رضوی، خراسان شمالی و خراسان جنوبی، در تابستان و پاییز سال 1393 و بهار سال 1394، تعداد 200 نمونه شاخه دارای علایم شانکر جمع آوری شدند. ابتدا نمونه-های گیاهی به مدت 10 دقیقه زیر جریان آب شیر شستشو داده شدند و سپس به قطعاتی بریده شده و به مدت دو دقیقه در اتانول 70 درصد و سپس به مدت دو دقیقه در هیپوکلریت سدیم 5/0 درصد ضد عفونی سطحی شدند و در نهایت با آب مقطر استریل شستشو گردیدند. قطعات گیاهی روی محیط کشت آب-آگار دو درصد درون انکوباتور با دمای 25 درجه سلسیوس و شرایط تاریکی مداوم قرار داده شدند. خالص سازی جدایه‌ها به روش‌های نوک هیف و تک اسپور صورت گرفت. شناسایی جدایه‌های قارچی نیز بر اساس خصوصیات ریخت شناختی و مولکولی با استفاده از توالی ناحیه ITS1-5.8S-ITS2 انجام گردید. در نهایت تعداد 2010 جدایه قارچی مربوط به آرایه‌های spp Alternaria (618 جدایه)،spp Cytospora (465 جدایه)، Neoscytalidium dimidiatum (170 جدایه)،spp Ulocladium (184 جدایه)، Paecilomyces variotii (162 جدایه)، Coniothyrium spp (95 جدایه)،spp Fusarium (72 جدایه)، Cladosporium spp (36 جدایه)،spp Chaetomium (21 جدایه )،spp Stemphylium (15 جدایه)، Chalastospora gossypii (23 جدایه)، Alternaria tellustris (5 جدایه)، Aureobasidium pullulans (11 جدایه)، Clonostachys rosea (6 جدایه)،spp Acremonium (7 جدایه)، Epicoccum nigrum (16 جدایه)،solani Rhizoctonia (17 جدایه)، Bipaolaris spicifera (5 جدایه)،spp Paraconiothyrium (26 جدایه)، Thyrostroma carpophilum (23 جدایه)، Eutypa lata(5 جدایه)، Stachybotrys echinata (3 جدایه)، Perussia spp (10 جدایه)، Diplodia spp (10 جدایه ) و Schizophyllum commune (5 جدایه) شناسایی شدند. جدایه‌های Stachybotrys echinata از درختان گوجه سبز، Schizophyllum commune از درختان زرد آلو و Eutypa lata از درختان آلو زرد جداسازی شدند. جدایه‌های سایر جنس‌ها نیز از تمامی میزبان‌های مورد بررسی بدست آمده اند.
