چغندرقند (L. Beta vulgaris) از مهم‌ترین گونه‌های خانواده Chenopodiaceae بوده و یکی از اصلی‌ترین منابع تولید قند در دنیا بشمار می‌رود. در بین ﻋﻮاﻣﻞ ﺑﻴﻤﺎری‌زای ﻣﺨﺘﻠﻒ ﭼﻮن قارچ‌ها، باکتری‌ها و ﻧﻤﺎﺗدﻫﺎ، بیماری‌های وﻳﺮوﺳﻲ ﺧﺴﺎرت زﻳﺎدی را ﺑﻪ اﻳﻦ ﻣﺤﺼﻮل وارد می‌کنند. چغندرقند در سراسر جهان توسط ویروس‌های زیادی آلوده می‌شود. ویروس ﻣﻮزاییک ﭼﻐﻨﺪرﻗﻨﺪ (Beet mosaic virus, BtMV) از شایع‌ترین این ویروس‌ها می‌باشد. در ایران باوجود گزارش وقوع BtMV از مزارع چغندرقند استان‌های مختلف، ژنوم این ویروس به‌طور دقیق موردمطالعه قرار نگرفته است. پروتئین کد شده توسط ناحیه P1 به علت عملکردهای مختلف آن از اهمیت زیادی برای ویروس برخوردار است. همچنین این ناحیه از نظر توالی و طول قطعه به عنوان متغیرترین بخش پوتی‌ویروس‌ها شناخته می شود. چنین ویژگی‌هایی سبب شده است تا P1 استعداد بالایی برای وقوع نوترکیبی داشته باشد. با این وجود تاکنون توالی های اندکی از این بخش برای BtMV گزارش شده است. همچنین بررسی های انجام گرفته برروی توالی‌های موجود هیچ شواهدی از نوترکیبی را نشان نمی دهد. با توجه به این موضوع در مطالعه حاضر برای بررسی امکان وجود نوترکیبی در جدایه ایرانی BtMV، قطعه P1 از این ویروس مورد مطالعه قرار گرفت. جدایه موردنظر از کلکسیون دانشگاه ولی‌عصر تهیه و برای تکثیر بر روی چغندرقند و Nicotiana benthamiana مایه‌زنی گردید. پس از ظهور علائم در گیاهان مایه‌زنی شده، حضور ویروس توسط کیت الایزا شرکت Bioreba تائید گردید. در قدم بعد، ژنوم ویروسی با استفاده از کیت استخراج RNA کل شرکت TopazGene (ایران) تهیه و حضور BtMV به روش مولکولی پس از تهیه cDNA، توسط پرایمرهای اختصاصی ناحیه CP ارزیابی گردید. دو جفت آغازگر برای توالی یابی ناحیه P1 توسط نرم‌افزار Vector NTI طراحی شد و اختصاصیت آن برای جدایه‌های مختلف BtMV توسط نرم افزار Primer Blast موجود در NCBI بررسی گردید. این دو جفت آغازگر در واکنش زنجیره پلی مراز باعث تکثیر دو قطعه به طول‌های 744 و 619 باز می‌شوند که توالی آن‌ها با یکدیگر همپوشانی دارد. قطعات تکثیرشده توسط شرکت Macrogen (کره جنوبی) توالی یابی گردید. محدوده ناحیه‌ی P1 با استفاده از توالی مرجع (NC_005304.1) تعیین شد. طول قطعه P1 در جدایه ایرانی همانند دیگر جدایه‌ها 939 باز می‌باشد. به دلیل محدودیت در تعداد جدایه‌های این ویروس، بررسی‌های تبارشناسی درون‌گونه‌ای برای پروتئین P1 از دقت خوبی برخوردار نیست. بااین‌وجود بررسی‌های انجام‌شده توسط نرم‌افزار RDP4 شواهدی از نوترکیبی را در جدایه ایرانی نشان می‌دهد. این نوترکیبی توسط چهار الگوریتم RDP، Bootscan، MaxChi و SiScan تائید گردید. نتایج حاصله نشان‌دهنده وجود بخشی از ژنوم جدایه مغولستان در جدایه ایرانی می‌باشد. پدیده نوترکیبی در صورت حضور مشترک جدایه‌های مختلف در یک میزبان رخ می‌دهد، به همین علت، نتایج حاضر احتمال وجود منشأ مشترکی را برای دو جدایه ایران و مغولستان مطرح می‌نماید.
