پنبه یکی از گیاهان مهم در صنایع نساجی و روغن‌کشی می‌باشد. بذر پنبه از ارکان تولید این محصول بوده و سلامت آن از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. یکی از عواملی که سلامت بذر را به خطر می‌اندازد، قارچ فوزاریوم می‌باشد. انتقال گونه‌های مختلف این قارچ همراه بذر منجر به کاهش جوانه‌زنی، گیاهچه میری، پوسیدگی‌های ریشه و طوقه و نهایتأ کاهش عملکرد خواهد شد. در این تحقیق نمونه‌های بذور ارقام تتراپلوئید پنبه از دو گونه‌ی زراعی Gossypium hyrsutum و G. barbadense از مناطق تولید بذر در سراسر کشور جمع آوری شد و قسمت‌های مختلف بذر که شامل بذرکامل، پوسته، مغز (آندوسپرم و جنین)، آندوسپرم و جنین بود، پس از ضدعفونی با هیپوکلریت سدیم یک درصد و آبکشی با آب مقطر استریل، در محیط‌های سیب‌زمینی دکستروز آگار (PDA) و آب آگار (WA) کشت گردید. جدایه‌های قارچی متعلق به جنس فوزاریوم مورد توجه قرار گرفته، خالص شده و بر اساس مشخصات ماکروسکوپی، میکروسکوپی و با استفاده از کلیدهای تشخیصی نلسون و همکاران (3Nelson et al.,198) و لزلی و همکاران Leslie et al.,2006))، گونه‌ی آنها مورد شناسایی قرار گرفت. در این پژوهش تعداد جدایه‌های فوزاریوم بدست آمده از ارقام ورامین، خرداد، بختگان، خورشید، ساحل، کاشمر، دکترعمومی و T14 به ترتیب 30، 12، 10، 2، 1، صفر، صفر و صفر بود. تعداد جدایه‌های فوزاریوم بدست آمده از قسمت‌های مختلف بذر شامل مغز، آندوسپرم، بذرکامل، پوسته و جنین به ترتیب 45، 6، 5، صفر و صفر بود. گونه‌های فوزاریوم شناسایی شده شامل F. verticillioides، F. equiseti، F. compactum، F. semitectum، F. nygamai و F. solani بودند. فراوانی این گونه‌ها به ترتیب 15، 8، 2، 1 ،1 و 1 جدایه بود. گونه‌ی F. verticillioides از مغز و آندوسپرم و گونه‌های equiseti F.، F. semitectum و F. nygamai فقط از مغز بذر پنبه جداشدند. گونه‌ی F. compactum از بذرکامل و مغز و گونه‌ی F. solani فقط از آندوسپرم جدا گردید. گونه‌های F. compactum و F. nygamai برای اولین بار در ایران از بذور پنبه گزارش می‌شوند. نتایج این تحقیق نشان داد که بذور رقم ورامین که سطح کشت غالب پنبه کشور را تشکیل می‌دهند نسبت به سایر ارقام از درصد آلودگی بالاتری برخوردار است. از طرف دیگر این پژوهش نشان می‌دهد که بیشترین آلودگی فوزاریومی ارقام مختلف پنبه داخلی بوده و مربوط به مغز و آندوسپرم می-باشد. بطورکلی یافته‌های حاصل از این پژوهش نشان می‌دهد که قارچ F. verticillioides با درصد وقوع قابل توجهی در داخل بذور پنبه‌ی متداولترین ارقام تجاری کشور وجود داشته و با انتقال بذر منتشر می‌شود. بنابراین برنامه‌ریزی جهت کنترل این قارچ بذرزاد به منظور تولید و توزیع بذور عاری از آلودگی ضروری می‌باشد.
