تجزیه و تحلیل ژنوم کامل ویروس موزائیک جنوبی مرغ و موقعیت تاکسونومیکی آن

عنوان دوره: بیست و دومین کنگره گیاهپزشکی ایران

ویروس موزائیک جنوبی مرغ (BgSMV) از گسترده ترین ویروس‌های مرغ در جنوب ایران می‌باشد. BgSMV همانند دیگر پوتی-ویروس‌ها دارای یک ژنوم آر ان ای تک لای مثبت است که به یک پلی پروتئین و پروتئین PIPO ترجمه می شود. به منظور بررسی ارتباط تکاملی و تبارزایی BgSMV با ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (MDMV) و سایر جدایه‌های زیرگروه ویروس موزائیک نیشکر، ژنوم کامل این ویروس تعیین ترادف و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. آر ان ای ویروس با استفاده از کیت mRNA capture ((Roche, Germany از برگ‌های جوان گیاه آلوده به BgSMV استخراج گردید. سپس برای تکثیر ژنوم کامل ویروس ابتدا از آغازگرهای عمومی پوتی‌ویروس‌ها در واکنش زنجیره ای پلیمراز استفاده شد و قطعات کوتاه حاصل از آن توالی یابی شد. در مرحله دوم با استفاده از قسمت‌های تکثیر شده از ژنوم، پرایمرهای اختصاصی طراحی و بدین ترتیب تعیین ترادف انجام پذیرفت. ترادف‌های حاصل از تکثیر بخش‌های مختلف ژنوم در واکنش زنجیره ای پلیمراز، با اطلاعات موجود در GenBank پایگاه اطلاعاتی NCBI و برنامه BLAST، مقایسه و صحت قطعات تعیین ترادف شده و موقعیت ‌آن‌ها در ژنوم تعیین گردید. پس از تجمیع قطعات و حذف قسمت‌های هم پوشان با استفاده از نرم افزار DNAMAN، ترادف کامل ژنومBgSMV بدست آمد. به منظور انجام تجزیه و تحلیل، ژنوم کامل BgSMV با 22 جدایه از پوتی‌ویروس‌ ‌های غلات و 8 جدایه از MDMV موجود در بانک ژن هم‌ردیف سازی شد. ترادف ژنوم کامل ویروس با رس شمار KU372146 در بانک ژن ثبت شده است. طول ژنوم BgSMV بجز دنباله Poly A، 9589 نوکلئوتید است. به احتمال زیاد AUG (142-140) در زمینه CGCAAUGGC،کدون آغاز ترجمه پلی پروتئین است. کدون پایان UGA در موقعیت نوکلئوتید 9355-9353 قرار گرفته است. بنابراین چارچوب خوانش شامل 9216 نوکلئوتید است که پلی پروتئینی با 3071 آمینواسید را کد می‌کند. علاوه بر آن PIPO که در ناحیه‌ی کد کننده پروتئین P3 قرار دارد نیز کد می شود. ترکیب بازهای آر ان ای ویروس مانند سایر پوتی ویروس‌ها شامل 35/ 34 درصد آدنین، 60/18 درصد سیتوزین، 88/20 درصد گوانین و 17/26 درصد یوراسیل می‌باشد. شباهت BgSMV با جدایه‌های MDMV به طور میانگین در سطح نوکلئیک اسید 6/85 درصد و در سطح آمینو اسید 1/92 درصد بود. با توجه به معیارهای فعلی تعیین حدود گونه بر اساس ترادف ژنوم که توسط کمیته بین‌المللی تاکسونومی ویروس (ICTV) مشخص شده است. و از آنجایی که هر دو شاخص بیشتر از معیار تعیین شده 77 درصد در سطح نوکلئیک اسید و 82 درصد در سطح آمینواسیدی برای پوتی-ویروس‌ها می‌باشد BgSMV می‌تواند از جدایه‌های MDMV باشد. اما با توجه به خصوصیات بیولوژیک مختلف مانند آلودگی ضعیف قیاق به BgSMV، پراکنش جغرافیایی متفاوت، و انتقال ویروس بوسیله شته ناقل Rhopalosiphum maidis، می توان هر دو ویروس را گونه‌های نزدیک به هم دانست.

ایران؛ پوتی‌ویروس‌‌ها؛ ویروس موزائیک کوتولگی ذرت