پوسیدگی خوشه یکی از مهم‌ترین بیماری‌های ذرت در سراسر جهان است که توسط گونه‌های متعددی از جنس فوزاریوم در این محصول ایجاد میشود. آلودگی ذرت به گونه‌های جنس فوزاریوم علاوه بر کاهش عملکرد، خطرات قابل ملاحظه‌ای از نظر سلامت در اثر مصرف دانه‌های آلوده به مایکوتوکسین‌ها در دام و حتی انسان در نقاط مختلف جهان ایجاد می نماید. در این تحقیق، به منظور تشخیص عامل بیمارگر از دانه‌های ذرت موجود در سیلوهای دام و طیور استان‌های خراسان رضوی، مازندران، کرمانشاه و شیراز نمونه-برداری به عمل آمد. نمونه‌ها در شرایط مناسب به آزمایشگاه منتقل و پس از شستشو با آب معمولی و ضد عفونی سطحی با هیپوکلریت سدیم یک درصد، به منظور جداسازی قارچ فوزاریوم روی محیط‌های آب آگار (WA) و سیب زمینی دکستروز آگار (PDA) کشت شدند و در انکوباتور با دمای 25 درجه سانتی گراد قرار گرفتند. تهیه کشت خالص قارچ به روش تک اسپور انجام شد. شناسایی گونه‌های جنس فوزاریوم با استفاده از محیط کشت‌های برگ میخک آگار(CLA) و سیب زمینی دکستروز آگار(PDA) بر اساس ویژگی‌های ریخت شناسی و توجه به کلیدهای شناسایی مربوطه انجام شد. تعداد 40 جدایه فوزاریوم جداسازی شده متعلق به سه گونه F. verticillioides، F. graminearum و F. proliferatum با فراوانی به ترتیب 34، 4 و 2 جدایه بودند. جهت شناسایی مولکولی جدایه‌های بدست آمده، پس از استخراج DNA قارچ، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز اختصاصی (Specific-PCR) ابتدا با استفاده از جغت آغازگراختصاصی جنس فوزاریوم(ITSF/R)و سپس جفت آغازگرهای اختصاصی گونه شامل (PRO1/2(F. proliferatum), VER1/2(F. verticillioides هر دو مبتنی بر بخشی از توالی ژن Calmodulin و (Fgr-F/Fgc-R (F. graminearum مبتنی بر بخشی از توالی ناحیه IGS، مورد ارزیابی قرار گرفت. بررسی محصول PCR نشان داد که نوار به طول 578 جفت باز تنها از DNA جدایه‌های F. verticillioides تکثیر گردید و از DNA جدایه‌های F. proliferatum و F. graminearum نوارهای DNA به ترتیب 585 و 500 جفت بازی تکثیر گردید. همچنین استفاده از جفت آغازگر اختصاصی جنس فوزاریوم جهت تکثیر نوار 431 جفت بازی، برای تمام جدایه‌های مورد بررسی پاسخ مثبت داد. گونه‌های نام برده با استفاده از روش (Specific-PCR) و سه جفت آغازگر های اختصاصی گونه، از DNA ژنومی دانه‌های ذرتی که به طور طبیعی آلوده بودند ردیابی شده و نوارهای اختصاصی مربوطه را تولید نمودند. نتایج PCR تاّییدی بر نتایج شناسایی و تکمیل کننده آن بود. بنابراین، بکارگیری روش‌های مبتنی بر PCR به عنوان ابزاری با حساسیت بالا، سریع و دقیق، قادر به شناسایی و تفکیک جدایه‌هایی که از نظر خصوصیات ریخت شناسی مشابه‌اند می‌باشند. نتایج این بررسی نشان می‌دهد که امکان ردیابی آلودگی دانه ذرت به گونه های فوزاریوم مورد بررسی در این پژوهش ، از طریق واکنش های PCR اختصاصی امکان پذیر است.
