بیماری پوسیدگی ذغالی کنجد دراثر قارچ Macrophomina phaseolina، یکی از بیماری‌های مهم گیاه کنجد بوده که از نظر ایجاد خسارت از اهمیت خاصی برخوردار می‌باشد. این تحقیق با هدف تعیین تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت‌ها انجام شد. شصت جدایه از مزارع مختلف از ده استان ایران (اصفهان، خوزستان، بوشهر، کرمان، فارس، گلستان، مازندران، یزد، هرمزگان و خراسان جنوبی) جمع آوری گردیدند. تنوع بین جمعیتی 60 جدایه با استفاده از 5 پرایمر URP-PCR و شاخصI (شاخص شانون)، Na(تعداد الل مشاهده شده)، H (هتروزیگوسیتی)، Ne (تعداد الل موثر) و PPL (درصد لوکوس‌های پلی مورف) مورد مطالعه قرار گرفتند. دندروگرام بر اساس ماتریس عدم تشابه به دست آمده به وسیله GenALEx 6.1 با استفاده از الگوریتم UPGMA در نرم افزار NTSYSpc ترسیم شد. تجزیه خوشه‌ای داده‌های حاصل از نشانگر URP-PCR جمعیت‌ها را به سه کلاستر تقسیم نمود. جدایه‌های فارس در کلیه شاخص‌ها دارای بیشترین مقدار و جدایه‌های کرمان از لحاظ شاخص‌های Na (908/0)، H (041/0)، Ne (074/1)، I (059/0) و PPL (20/9 درصد) دارای کمترین میزان بودند. آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد که نسبت بیشتری از تنوع ژنتیکی مربوط به تنوع درون جمعیت می‌باشد. این نتایج می‌تواند به منظور درک ساختار جمعیتی این قارچ مفید باشد و کنترل بیماری پوسیدگی ذغالی کنجد در ایران کمک کند.
