در این تحقیق از نشانگر AFLP برای تعیین تنوع ژنتیکی بین 60 ژنوتیپ گلرنگ در ارتباط با مقاومت به پوسیدگی ریشه در اصفهان استفاده گردید. Fusarium solani بعنوان عامل اصلی پوسیدگی ریشه معرفی و ژنوتیپ‌ها براساس واکنش به عامل بیماری در پنج گروه حساس، نیمه حساس، متحمل، مقاوم و نیمه مقاوم دسته بندی شدند. تمامی نمونه‌ها با استفاده از 20 جفت آغازگر مورد بررسی قرار گرفتند. در هشت جفت آغازگر هیچ چند شکلی بین ژنوتیپ‌ها دیده نشد که احتمالا به علت شباهت ژنتیکی زیاد ژنوتیپ‌ها می باشد. نتایج با الگوریتم خوشه بندی UPGMA با استفاده از نرم افزار (ver 2.02) NTSYSpc آنالیز و ضریب تشابه جاکارد محاسبه گردید. برای تعیین درصد تکرار پذیری از نرم افزار MEGA و برای تعیین واریانس نتایج از نرم افزار AMOVA استفاده گردید. نتایج نشان داد که خوشه بندی بر اساس نشانگر AFLP و خصوصیات مقاومت فنوتیپی بطور کامل همبستگی ندارند. هرچند ژنوتیپ‌های حساس و مقاوم دارای اختلاف معنی دار بوده و نسبت به هم در شاخه جداگانه‌ای قرار گرفتند. از آنجایی‌که نشانگر AFLP یک نشانگر مبتنی بر PCR می‌باشد و در مهندسی ژنتیک کاربرد فراوانی دارد، می‌توان تفاوت بسیار اندک بین ژنوتیپ‌های گلرنگ را با استفاده از این نشانگر مورد بررسی قرار داد. تحقیقات بعدی بر روی یافتن ژن‌های مقاومت نسبت به پوسیدگی فوزاریومی ریشه گلرنگ، در دست انجام می‌باشد.
