بیماری شانکر باکتریایی مرکبات ناشی از Xanthomonas axonopodis pv. citri یکی از بیماری های مهم مرکبات در دنیا بشمار می رود. این بیماری از بیش از دو دهه قبل از جنوب ایران گزارش شده و بویژه در سالهای پرباران خسارت زا می باشد. باکتری عامل این بیماری به برگ، شاخه و میوه ها حمله می کند. تاکنون روش کنترل موثری برای این بیماری مشخص نشده است. دستیابی به ارقام مقاوم یک روش بسیار مناسب، کارآمد، سالم و ارزان برای کنترل این بیماری محسوب می شود. تحقیق حاضر به منظور ارزیابی واکنش درون شیشه ای ژنوتیپ های لیمو ترش جمع آوری شده از جنوب استان کرمان در برابر سه استرین NIGB-88، NIGB-386، LM4-9322 باکتری عامل شانکر مرکبات انجام گرفت. مایه زنی برگهای جداشده با سوسپانسون کشت جوان باکتری در آب مقطر استریل و با استفاده از سوزن استریل در دوطرف رگبرگ میانی برگها انجام گرفت. برگهای مایه زنی شده روی محیط آب آگار یک درصد و در دمای 26 درجه سانتیگراد نگهداری شدند. ارزیابی واکنش ژنوتیپ ها با بازدید روزانه و نمره دهی شدت بیماری از 0 تا 4 انجام گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که تمامی ژنوتیپ های لیموترش جمع آوری شده از جنوب استان کرمان در برابر استرین های شانکر باکتریایی مرکبات حساس اند اما میزان حساسیت ژنوتیپ ها به استرین ها متفاوت است. ازبین استرین های باکتری مورد استفاده استرین NIGB-386 قدرت بیماریزایی بیشتری داشت. از بین ژنوتیپ های مورد بررسی ژنوتیپ های G3، G4 و G5 بیشترین حساسیت در برابر استرین NIGB-386 را نشان دادند. استرین LM4-9322 قدرت بیماریزایی کمتری روی ژنوتیپ های لیموترش داشت. ژنوتیپ های G1 و G3 در مایه زنی با این استرین مقاوم بوده و هیج علائمی نشان ندادند.