جاروک و میوه سبز از بیماریهای مهم و خطرناک مرکبات در نواحی جنوبی ایران محسوب می شوند که از اهمیت قرنطینه ایی ملی و بین المللی برخوردارند. عوامل این بیماریها پارازیت اجباری بوده و در محیط کشت های مصنوعی قابل کشت نیستند. در حال حاضر، PCR حساسترین و دقیق ترین روش جهت ردیابی و تشخیص عوامل همراه با این بیماریها بشمار میرود. انجام PCR و ردیابی عوامل بیماریهای جاروک و میوه سبز در واکنش های جداگانه (بویژه در فرایند گواهی سلامت نهال، ردیابی سالانه این بیماریها و در پست های قرنطینه مرزی که الزاما تعداد زیادی نمونه مورد بررسی قرار می گیرد) بسیار زمان بر بوده و به هزینه زیادی نیاز دارد. در این تحقیق ترکیب اجزاء PCR master mix و پروفیل دمایی مناسب به منظور انجام واکنش multiplex PCR با استفاده آغازگر های fp400/rp400 و P4/P7 به منظور ردیابی همزمان عوامل بیماریهای جاروک (Candidatus Phytoplasma aurantifolia) و میوه سبز مرکبات (Ca. Liberibacter asiaticus) در یک واکنش ابداع و معرفی شده است. در هر واکنش multiplex PCR در نمونه آلوده به بیماریهای جاروک و میوه سبز، دو باند با اندازه های 400 و 500 جفت بطور همزمان تکثیر گردید درحالیکه در نمونه سالم هیچ باندی تشکیل نشد. نتایج حاصل از واکنش multiplex PCR با آزمون های single PCR با هدف ردیابی هریک از عوامل بیماریزا بصورت جداگانه مقایسه و با تعیین توالی نوکلئوتیدی نواحی تکثیر شده مورد تایید قرار گرفت.