بیماری قارچی بذرزاد خال سیاه گندم یکی از مهم ترین عوامل کاهش عملکرد کمی و کیفی محصول می باشد. قارچهای مختلفی که باعث این بیماری می شوند اغلب روی بذرهای رسیده نیز وجود دارد ولی علایمی را نشان نمی دهد و رطوبت بالا و بارندگی فراوان در زمان شیری شدن دانه تا مرحله خمیری نرم و یا آبیاری آخر فصل معمولا آلودگی ها را بروز می دهد. از میان بذور طبقه گواهی و مادری ارقام مختلف چمران، سورا، یاواروس، کرخه، بهرنگ و زاگرس از استان ایلام، باتوجه به زمان برداشت، قبل و بعد از بارندگی، نمونه برداری و به آزمایشگاه ملی سلامت بذر موسسه جهت جداسازی قارچ های بذرزاد منتقل گردید. 400 عدد بذر از هر نمونه روی کاغذ بلاتر مرطوب کشت و پس از نگه داری به مدت 24 ساعت در فریزر 20- درجه سانتیگراد به اتاقک رشد با دمای 20 درجه سانتیگراد و نور NUV با دوره تاریکی و روشنایی به مدت 7 تا 10 روز انتقال و پس از آن نمونه ها مورد بررسی میکروسکوپی واقع شدند. نتایج نشان داد که Alternaria alternata با 92/75 درصد و . Fusarium sppبا 25/53 درصد آلودگی نسبت به سایر گونه های قارچی غالب بوده و همچنین نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل آماری نشان داد که عامل رقم و زمان برداشت بر میزان آلودگی به Alternaria alternata در سطح احتمال 1% دارای اثر معنی دار بوده و رقم کرخه با 92 درصد دارای بیشترین میزان آلودگی به Alternaria alternata در شرایط برداشت بعد از بارندگی می باشد. همچنین اثر متقابل رقم، زمان برداشت و طبقه بندی بر میزان Fusarium spp. دارای اثر معنی دار می باشد و رقم چمران با 19 درصد در شرایط قبل از بارندگی دارای بیشترین درصد آلودگی Fusarium spp. است. نتایج حاصله می تواند در عملیات مدیریت زراعی و بهبود کیفیت بذور نقش بسزایی داشته باشد.