تنوع ژنتیکی 49 جدایه M. oryzae بدست آمده از مرحله بلاست برگی و بلاست خوشه از سطح یک مزرعه برنج در شهر رشت با استفاده از یک جفت آغازگر Pot2 توسط روش rep-PCR مورد بررسی قرار گرفت. همه جدایه‌ها از مرحله بلاست برگ و بلاست خوشه در یک فصل زراعی در سال 1390 جمع‌آوری شدند. تجزبه و تحلیل خوشه‌ای داده‌ها به روشUPGMA صورت پذیرفت و دندروگرام تنوع ژنتیکی با استفاده از ضریب تشابه Simple Maching رسم گردید. نتایج نشان داد که در سطح تشابه %5/78 ، جدایه‌ها در 9 گروه انگشت نگاری قرار می‌گیرند که 67% جدایه‌ها در یک گروه و 33% جدایه‌ها در هشت گروه دیگر قرار گرفتند. بر این اساس هیچ ارتباطی میان گروه‌های انگشت نگاری و منشا جدایه‌ها (برگ و یا خوشه) مشاهده نشد. نتایج بررسی ژنتیک جمعیت، تفاوت ژنتیکی کمی را در بین دو جمعیت بدست آمده از سطح یک مزرعه نشان داد. همچنین میزان جریان ژنی زیادی بین دو مرحله بلاست برگ و خوشه می‌باشد. با توجه به زیاد بودن مقدار جریان ژنی و شباهت ژنتیکی بسیار زیاد بین دو جمعیت می توان به یکسان بودن منشا جدا‌یه‌های مرحله برگ و خوشه پی برد. بدین ترتیب که فاصله زمانی کوتاه (تقریبا یک ماه) بین دو مرحله بلاست برگی و بلاست خوشه در یک مزرعه، احتمال انتقال کنیدیوم‌‌های قارچ از برگ‌های آلوده به خوشه‌ها و حرکت بیمارگر در طی مراحل مختلف فنولوژیک گیاه را امکان پذیر می‌کند.. با توجه به اینکه تولیدمثل جنسی این قارچ در ایران گزارش نشده است، سایر عوامل موثر در بروز تغییرات ژنتیکی از جمله تنوع زیاد ارقام برنج، شرایط آب و هوایی مناسب برای تولیدمثل غیرجنسی و متعاقبا نوترکیبی میتوزی از طریق چرخه شبه جنسی و مکانیسم سازگاری رویشی را می‌توان به عنوان مهم‌ترین عوامل موثر در تغییرپذیری ژنتیکی این قارچ در شمال کشور برشمرد.
